Suite à une brève carrière académique à l’Université Laval au début des années 90, Martin Godbout est nommé président-directeur général de la Société Innovatech Québec. En 1997, il poursuit sa carrière dans le secteur du capital de risque biopharmaceutique à titre de vice-président exécutif chez BioCapital. En mai 2000, il devient le président fondateur et chef de la direction de Génome Canada qu’il a dirigé pendant près de 10 ans.
Officier de l’Ordre du Canada (2005), il est aussi président du conseil d’administration de AmorChem, BioContact, BioQuébec et Génome Québec et il siège à titre de membre indépendant au conseil d’administration des sociétés suivantes: AngioChem, Asmacure, Chelation Partners, Fonds de Recherche du Québec – Santé, Montréal InVivo, P3G, la Fondation de l’Ataxie de Charlevoix-Saguenay, la Fondation des Étoiles et la Fondation sur les leucodystrophies.
Martin Godbout détient un doctorat en physiologie et endocrinologie moléculaire de l’Université Laval. Par la suite, il a poursuivi sa formation postdoctorale en neurobiologie moléculaire au Scripps Research Institute de San Diego.